建立部門合作與政策協調的長效機制，構建責權分明、監(jiān)管與操作分離的認定管理工作體系，是新《認定辦法》在高新技術企業(yè)認定工作的一次重大改革。

為了做好企業(yè)認定和政策落實工作，新《認定辦法》加大了部門合作與政策協調力度?？萍疾颗c財政部、國家稅務總局建立了聯合工作機制，省級科技主管部門與同級財政、稅務部門共同進行高新技術企業(yè)認定工作，通過這一改革措施，保證認定企業(yè)與享受政策同步進行。

在組織管理方面，新《認定辦法》設立了“部門決策、地方認定、機構監(jiān)管”的認定管理工作體系?？萍疾?、財政部、國家稅務總局三部門聯合成立認定工作領導小組，作為決策層，研究決定高新技術企業(yè)認定工作原則，解決科技、財政、稅務部門在高新技術企業(yè)認定及相關政策落實中出現的重大問題。認定工作領導小組下設辦公室，作為監(jiān)管層，負責認定工作的備案管理，監(jiān)督、檢查全國高新技術企業(yè)認定工作和相關政策的落實情況。省級科技部門與同級財政、稅務部門組成高新技術企業(yè)認定管理機構，作為認定機構，負責本地區(qū)高新技術企業(yè)認定工作，并通過會商制度及時解決高新技術企業(yè)認定及稅收政策落實中出現的有關問題。新《認定辦法》還通過公示公告、投訴處理、日常檢查等措施加強過程監(jiān)管，接受社會監(jiān)督，充分體現了公共政策公開、公平、公正的原則。

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